分子生药学（molecular pharmacognosy）是生药学与分子生物学相互融合而形成的一门新兴交叉学科，由黄璐琦于1995年在《展望分子生物技术在生药学中的应用》一文中首次提出。此文的发表引起了生药学界的强烈共鸣，一些志同道合者纷纷以各种方式提出自己的看法、商榷，鼓励其作进一步的探讨，使之更加系统化。正是这种共鸣和激励，经过数年的勤奋钻研，《分子生药学》由北京医科大学出版社于2000年6月正式出版。它使原有的生药学跨入了一个新的时代，即分子生物学时代，从而也使生药学发展出一个新的分支学科“分子生药学”。如栝楼属药用植物的分子系统学和生药鉴定研究领域的课题“栝楼属植物的系统演化及其药材的分子标识研究”获国家科技进步二等奖。在此基础上，《分子生药学》第二版新增的内容，主要针对中药研究中的重点和热点，如“道地药材形成的分子机理研究”从全新的角度阐释了“道地药材”的形成机制；“珍稀濒危中药资源的遗传多样性和保护策略研究”为中药资源的保护和可持续发展提供了理论基础。这些突出了继承和创新的结合，预示了中药资源的新方向。